Jedną z głównych wartości systemu Zimbra jest jego bezpieczeństwo. Warto podkreślić, że dotyczy to zarówno użytkowników końcowych, (ochrona przed wirusami, spamem i przed phishingiem), i architektury systemu Zimbra (uwierzytelnianie i szyfrowanie SSL/LS). System Zimbra został zaprojektowany w klasycznym modelu bezpieczeństwa, w którym strona serwera musi być godna zaufania, ale po stronie klienta nie musi tak być. Tak więc Zimbra zapewnia  użytkownikom bezpieczeństwo  przysyłania wiadomości i współpracy wszędzie,  nawet na swoich komputerach domowych, czy w kafejkach internetowych, bez konieczności wdrażania VPN (Virtual Private Networks).

Anty-virus

System Zimbra dostarczany jest z wbudowanym systemem ClamAV.  System ClamAV to open soursorywm system antywirusowym, który został wielokrotnie nagradzony. W celu maksymalnej ochrony definicje antywirusowe, anty-robakowe i anty-phisingowe są aktualizowane kilka razy dziennie. Użytkownicy używający dostępu do systemu Zimbry przez przeglądarkę korzystają z dodatkowej warstwy ochrony jaką jest przeglądanie załączników jako html co jest wygodniejsze i bardziej bezpiecznie niż zapisywanie załączników lokalnie i następnie ich przeglądanie.

Any-Spam

Podobnie jak z system ClamAv, Zimbra również dostarczana jest z Open Sourc'owym wbudowanym filterm spamu SpamAssassin i DSPAM. Systemy te zasilane są regularnie aktualizacjami definicji spamu. Jednocześnie każdy użytkownik oznaczając wiadomości jako spam pozwala tym narzędziom uczyć się odróżnić które wiadomości należy traktować jako spam, a które nie.